Este magnífico conjunto conventual fue realizado en dos etapas. El templo de San Agustín y el Claustro Menor pertenecen a la primera etapa, del siglo XVII, mientras que el claustro mayor fue construido casi medio siglo después. Fue en el año 1615 cuando los agustinos decidieron fundar un convento en la próspera Villa de Salamanca, que había sido fundada hacía apenas unos años antes, en 1603. El 26 de mayo de 1615 el padre fray Juan de San Nicolás colocó una campana y un altar en el solar donde se levantaría la iglesia y procedió a fundar el convento de San Juan de Sahagún, en honor al santo patrono de Salamanca, España. Fray Miguel de Guevara inició las obras del convento en 1642 y fue el autor de los planos y el diseño arquitectónico.
El claustro menor es una construcción del siglo XVII, contemporánea a la iglesia. Este fue concluido en el año 1700. Fue solemnemente inaugurado hasta el año de 1706. Su estilo es renacentista, conservador de la forma herreriana. Su planta es cuadrada de dos pisos comunicados por una amplia y hermosa escalinata. Tiene arcos de medio punto tanto en la planta alta como en la planta baja (16 arcos en total) sobre pilares cuadrados y cubiertos de bóvedas. En la planta baja hay 7 grandes salones y una amplia bodega debajo del piso llamada "la covacha". En la planta alta hay 2 corredores y 2 grandes salones y uno menor que era la biblioteca. A lo largo de los pasillos interiores había 8 celdas en cada uno. De ellas solo sobreviven 2. Actualmente en el claustro menor se encuentra la Casa de la Cultura de Salamanca.
El claustro mayor fue añadido en el siglo XVIII al poniente del ya existente. Es mucho más grande pero con arquería solo en su planta baja. Su construcción comenzó en el año 1750 y fue terminado en 1761. Su estilo es barroco y al centro de su patio tiene un enorme aljibe de 20 mts. de lado. Cuenta con una arquería de 40 arcos de medio punto (10 de cada lado), sobre pilares cuadrados de estilo barroco. En la planta alta solo hay salones y celdas. Al norte hay un gran salón, 2 salones medianos al sur, 6 celdas al oriente y una aula magna al poniente. En el segundo piso hay 12 celdas con un pasillo interno al norte y 2 patios que fueron otras 12 celdas al sur y otras 12 al oriente.
El conjunto, de aproximadamente 60 metros de largo, tiene un aspecto universitario, ya que en el siglo XVIII se tuvo la intención de establecer ahí una universidad, para lo cual se engrandeció el edificio y se comenzaron a preparar concienzudamente a los futuros profesores. Diversas circunstancias impidieron la realización del proyecto, sin embargo sí existió ahí un centro de estudios de categoría universitaria.
El 25 de enero de 1835 fray José María Marocho hizo la solemne apertura del Colegio de Salamanca, en donde se enseñaba la teología, filosofía, humanidades, física, matemáticas, latinidad, botánica, zoología, historia, literatura, música, pintura e idiomas (latín, griego, francés, hebreo e inglés). Se contaba además con la Gran Librería del Convento de San Juan de Sahagún de Salamanca que contaba inicialmente con 10 mil volúmenes, llegando acumularse hasta 50 mil libros. En los siglos XVIII y XIX en el convento se celebraron varios capítulos de la Orden Agustiniana. Por un tiempo el convento llegó a ser residencia de los Padres Provinciales.
A mediados del siglo XIX el convento sirvió como hospital para el ejército en 2 ocasiones: cuando la epidemia del Cólera Grande (1833) y cuando la Batalla de la Coalición o de Salamanca (1858). Cientos de soldados perecieron en sus claustros. En 1860 el convento llegó a su fin con la aplicación de las Leyes de Reforma y permaneció deshabitado por 7 años, durante los cuales fue saqueado. Posteriormente en este lugar estuvo la Penitenciaría del Estado de Guanajuato (1867-1915), una escuela de Artes y Oficios (1921) y en el año 1944 el Sindicato de Trabajadores Petroleros llegó a un acuerdo con la Secretaría de Bienes Nacionales (actual INAH) para ocupar la planta baja del claustro. Se instalaron oficinas, un sanatorio, una capilla funeraria y en 1952 una escuela de artes y oficios. También se instaló en auditorio petrolero y el segundo piso fue ocupado por familias petroleras. El sindicato petrolero desocupó el edificio en 1963. Más tarde fue ocupado por la Escuela Preparatoria Salamanca y después estuvo abandonado durante muchos años hasta que en 1999 la asociación "Adopte una Obra de Arte" con el apoyo de Petróleos Mexicanos llevó a cabo la restauración total del inmueble. A partir del mes de noviembre del año 2002 en él funciona el Centro de las Artes de Guanajuato, el cuál fue entregado por los reyes de España, SSMM Don Juan Carlos I y Doña Sofía así como por el presidente de México, Vicente Fox Quesada y su esposa, la Sra. Marta Sahagún.
