Este templo fue fundado en el año de 1656; las obras se iniciaron en los albores del siglo XVIII y fue finalmente concluída en 1783. Esta iglesia se situó en el pueblo de indios de Santa María Nativitas que había sido fundado en el año 1655 extramuros de la Villa de Salamanca, siguiendo con las instrucciones reales de "reducir a los indios a poblaciones". La pequeña iglesia presenta un estilo barroco y sobre su torre se encuentra una antigua cruz Tequitqui. Sobre la iglesia también puede observarse una antigua escultura que representa al Arcángel San Miguel y que es comúnmente conocida como "El Mono del Pueblo".